江戸末期の慶応元年(1865）、江戸時代に隠れていた「切支丹」四千名のうち少数者が、大浦天主堂に「自分たちは切支丹」と名乗りを上げた。しかし明治維新後、「切支丹禁止令」により改宗を求められた長崎の教徒たち三千四百名が、百名、数十名単位で日本各地二十カ所に送られ、それぞれ収容された。（流罪）当地もその一つで、１５３名が当時光琳寺という寺（現在廃寺）にお預けとなった。 　当時の津和野藩は神道がさかんで、自信を持って改宗・棄教させるつもりであった。しかし、信仰の篤い彼らは容易に応じなかった。そこで方針が転換され、拷問によって改宗を迫るようになった。拷問はありとあらゆる方法がとられた。この結果、転向した者５４名の他、殉教したものも３６名を数えた。真冬に信者を裸にして放り込んだ池の他、当時の井戸などが残されている。 　戦後、ネーベル神父によって鎮魂のため建立されたマリア聖堂内部には、迫害の史実を描いたステンドグラスのレリーフがある。また、近くの山中には殉教した教徒の墓があり、歩いて十分少しで行ける。その墓の脇には、大きな十字架上のキリスト像が置かれている。なお、故永井博士の絶筆「乙女峠」には、この辺りのことが書かれている。 　このような明治初期のキリスト教・仏教に対する「宗教弾圧」は、西欧で「近代国家にあるまじき行為」と非難攻撃された。このため明治政府は、明治六年(1873)になってキリスト教を公認した。こうして、日本における徳川家光以後のキリスト教徒の「長い闘い」が終わった。